但是，药物流产不是万能的，药物流产后的出血一直是尚待解决的问题。我国的资料表明药物流产后平均出血时间在15-18天。出血的主要原因为子宫内蜕膜、绒毛组织的残留。因此，药物流产后，如果阴道内大出血或出血不止，应适时刮除子宫内尚未完全排出的残留物止血。据统计，药物流产的完全流产率（即妊娠物完全排出的）在90%左右，还有约10%的病人需要做清宫术。药物流产后因妊娠物排出不全而大出血需要急诊清宫止血的病人为3%，需要输血的病人0.1%。故强调药物流产必须在有急救设备（如急诊刮宫、输液、输血）的进行，药物也必须在经过培训、考核合格，持有《医师合格证》的医生负责指导监护下使用，怀孕妇女切不可将药物带回家自行服用。
药物流产后的清宫术与一开始就做人工流产手术是不同的，具体表现在以下两个方面第一，药物流产中服用的米非司酮和前列腺素（米素前列醇）既可使宫颈易于扩张，又可使种植在宫壁的胚囊比较松动。因此，药流后的清宫术比一开始就做人工流产手术容易进行。第二，对于那些禁忌做人工流产手术的高危妊娠对象，如畸形子宫、近期内做过剖宫产手术、宫颈发育不良、宫颈坚韧而难以扩张者，如果药物流产不全而又必须做清宫术时，也比一开始就做人工流产手术安全。容易操作。
