小儿室间隔缺损的治疗大部分都可得到根治，但若进行外科手术，还需结合时机及实际情况，应考虑到以下方面的条件。第一应判断先天性心脏病的类型，是复杂型的还是单纯型的；第二应视病情的轻重，病情的严重程度；第三应看医院的设备条件；第四应考虑到医务人员的技术水平。
合适的时机，比如有些小孩一生来病情较重，需要抢救，而一般性的左右分流心脏病，施行手术的最佳时间是两岁以上，五岁达到最好。而另一个应考虑到的重要因素便是小孩手术额适应症。有些情况下，需进行手术，有些情况无需，甚至不能进行手术。这些都应在谨慎分析的范围内。
不需手术
小儿属于小型缺损而无症状，或为进行性闭合缺损，症状逐渐减轻时，应暂时不进行手术，而应临床观察。
