由于非结核分枝杆菌肺病临床表现往往与肺结核相混淆，影响诊断和治疗，因此肺结核"患者有下列情况时，在进行抗结核药物治疗的同时，应作非结核分枝杆菌检查。
（1）痰培养阳性，但菌落形态及发生情况与人型结核杆菌不符。
（2）初治患者首次分离出分枝杆菌对一、二线抗结核药物耐药。
（3）患者经用各种抗结核药物治疗无效，痰菌持续阳性。
（4）新发现肺结核病患者，病变广泛有空洞而症状轻微，经正规化疗3～6个月仍排菌，或无空洞的浸润病变，经正规化疗6个月以上仍排菌者。
（5）伴有免疫缺陷的肺病患者，如糖尿病、硅沉着病、长期使用免疫抑制剂及hiv/爱ds患者。
（6）痰中发现抗酸杆菌，而临床表现与肺结核不相符者。
3.非典型（非结核）分枝杆菌肺病诊断试行方案（中华医学会结核病科学会，1988年）
（1）胸片：有异常阴影，病变常与排菌有平行关系，且已除外肺结核感染者。
