睾丸发育不全的病因主要有以下几种情况：
第一是内分泌异常，内分泌如果出现异常，比如促性腺激素减退性的性腺功能低下症，还有垂体微腺瘤等等，就影响了性腺的发育，造成这种睾丸发育不全。
第二种情况就是遗传因素，就是染色体异常，比如说克氏综合症，就是原发性小睾丸症或精曲小管发育不良症。
第三种就是解剖因素，个别的病例由于胚胎时血液供应障碍，或者睾丸小降时发生精索扭曲所导致的睾丸发育不全，这是因为解剖因素所造成的。
第四种，就是感染因素，最厉害的就是儿童时候得腮腺炎导致的病毒性睾丸炎，可造成睾丸发育障碍。关注男性健康要从小时抓起，不要铸成大病，有时是不可挽回的。
第五方面是外伤或手术创伤，有一些人因为小时候也好，青春发育期也好，成人之后，因为在睾丸这地方受到一些损伤，或者因为一些手术，结果造成的睾丸的损伤，也能造成睾丸发育不良或萎缩等等情况。
