三种滴虫在形态上很相似，阴道毛滴虫是最大的一种。而各株的大小，生长力，毒力及抗原特性方面存在差异。阴道毛滴虫仅有滋养体期，无包囊期。滋养体呈梨形或圆形，长7-32μm，约为多核白细胞的2-3倍，无色，透明，具有折光性。前端有5颗排成环状的毛基体复合体，自此发出4根前鞭毛和1根后鞭毛，同时发出波动膜和基染色干。胞核在虫体前1/3处，为椭圆形的泡状核，核附近有副基体和副基纤维，轴柱一根纵贯虫体自后端伸出。
透射电镜观察虫体由双层质膜包围，体前1/3有一椭圆形细胞核，核膜双层，膜上有核孔，核内有6-10个电子密度高、大小相仿的染色质颗粒。核膜外周可见内质网，在核与副基纤维的背侧高尔基复合体。体前的毛基体复合体，由鞭毛管管腔内“c”形盾结构及5个毛基体三部分组成。
滴虫借前端四根鞭毛的摆动向前运动并以波动膜的扑动作出螺旋式运动。
