治疖肿
中医一般将疖肿分为暑疖和多发性疖病，认为是内郁湿热、血热或外受风热暑邪而成，现代医学认为是葡萄球菌感染所致。而藿香正气水方中的紫等苏成分有抑制葡萄球菌的作用，方中藿香芳香化湿;白芷发表、祛风、胜湿，故能散郁除湿治疗疖及疖病。用法是，用棉签蘸藿香正气水，一日多次涂擦患部。
治婴幼儿腹泻
取干净纱布一块，折叠成4～6层置于患儿肚脐处，将藿香正气水置水中预热，待药温适宜时倒在纱布上，以充盈不溢为度，用塑料布覆盖纱布后，再用医用胶布固定，2～3小时后取下，每日2～3次，一般2日即可见效。对于腹泻较重、中度以上脱水者还需及时补液。
治慢性荨麻疹
慢性荨麻疹是皮肤科常见疾病，致病因素较多，发病机制复杂，藿香正气水对本病有一定的治疗作用。患者可口服藿香正气水10毫升，每日3次，连服2周为1疗程。但若伴有喉头水肿、休克、发热者，及近2周来曾用过皮质激素治疗者和阴虚火旺者不宜采用此方法。
