食管黏膜正常应为淡粉红色、壁光滑、血管纹理清晰、最下端的齿状线呈规则的园弧状、或蝶型、锯齿型、半岛型等。病理性改变为黏膜充血（发红）、水肿、不光滑、血管纹理不清、可见条状红斑、甚至有糜烂、溃疡。齿状线也失去正常形状等。这样改变往往是物理化学性因素所致食管炎、返流性食管炎的表现。
如果食管下端黏膜粗糙、血管纹理模糊不清、水肿、齿状线有缺损、溃疡、糜烂等改变、病理是正常的复层鳞状上皮被单层柱状上皮所替代、往往是berrett食管病。
若见到胃黏膜突入食管腔内，尤其在恶心时明显，放松后又退回复原，齿状线上移、这往往是食道裂孔疝滑脱型的镜下表现。
另外食管壁上见到兰色或紫色的迂曲，向管腔突出的静脉血管者，往往是由于门静脉高压（肝硬化）所至的食道静脉曲张。
管壁见到突向管腔的隆起性病变可能是平滑肌瘤、食道息肉、食道血管瘤、食道癌等。如果是凹陷下去的病变往往是食道憩室等。
