咖啡还易引起糖尿病。芬兰和美国都是消费咖啡最多的国家，调查分析发现，这两个国家中患糖尿病的人数也最多。其中，芬兰人的咖啡消费量居世界之首，该国的糖尿病患者也是世界最多的。相反，的咖啡消费量在世界是最少的，糖尿病患者也最少。研究者分析认为，咖啡饮料中含有的咖啡因可以透过胰脏而沉淀到胎儿组织中，尤其是胎儿的、大脑，使出生后的婴儿可能患糖尿病。
不孕症、流产也与咖啡有关。据美国科学家研究发现，每天饮1杯咖啡的妇女比不饮咖啡的妇女易患不孕症。而孕妇每天摄入咖啡因超过200毫克，流产风险会增加一倍。
此外，咖啡会造成钙质流失。虽然目前并沒有直接证据，显示咖啡因会导致骨质疏松症，但是有一些研究指出，咖啡因使尿中排出的钙增多，从而增加患骨质疏松的危险。咖啡还会对胃溃疡患者不利。由于咖啡会促进胃液分泌，促进胃酸增加，故有胃溃疡的患者在喝咖啡时，要多加注意，切勿过量，更不要空腹喝咖啡。
王兴国强调“咖啡因在肠道内会干扰钙、铁、锌等矿物质的吸收，所以儿童等不要喝咖啡。成年人喝咖啡的时候，也尽量不要与食物混杂。如果喝咖啡的话，每天喝1、2杯是可取的，不要喝太多。
