下列则是引起阴茎疼痛较不常见的原因
1、阴茎癌—要辨认阴茎癌并不困难，从器官的表面就能看得出形成病变的组织。除非是受到感染，否则阴茎癌通常都不会引起疼痛，治疗这个病的方法是实行外科手术。
2、现在已经广泛地使用人工弥补术来治疗阳痿，即以外科手术将管子植入阴茎组织中，使阴茎可以藉此装置顺利勃起。如果弥补术确能达到良好的功能，患者就能重享圆满的性生活，但是这种人工植入的管子常常会受到感染而引起阴茎疼痛。
3、如果我说眼睛发红及关节疼痛是与阴茎的不适有关联的，你信不信?
这种看似不可能的并发症状称为赖透性症候群，是一种因身体免疫系统失调所导致的病症（在前面讨论关节疼痛的章节中，我曾提到过这一现象）。因此，如果阴茎会痛而且流出分泌物，又有轻微的发烧，关节也会痛，那么请到镜子前看看自己的双眼，如果双眼发红，那么就可以依此诊断出自己的毛病了。通常几个星期之后这些症状就会自行消失，不需要任何治疗。
4、有时很矛盾的是，阴茎的疼痛竟是源自于享乐——因为勃起所导致的疼痛。
