第三，检查手段一刀切，检查人员素质高低不齐。从工程启动伊始，就不断有专家从技术层面进行质疑。该项目选择的是x线摄影中的一种———计算机放射摄影。很多专家认为，该检查结果准确性不是很高，容易漏掉非常细微的钙化和病变。此外，后来也有很多研究证实，不同年龄的女性，性价比最高的筛查手段的确不一样，x线摄影并非最佳。
而一旦检查人员判断不准确更会让检查结果出现误差，或是虚惊一场，甚至出现“治疗过度”的情况。或使受检者疏于警惕，以致延误病情。
第四，商业化的运作，留下一系列问题。航华的资金不能及时到位、捐赠的一台普查车下落不明、某定点医院购买设备后至今没有收到发票，甚至因为某些经济纠葛，还把中国抗癌协会卷入了官司……这些都导致中国抗癌协会与航华的矛盾逐渐加深，也引起卫生部等部门的警觉。2006年9月，中国抗癌协会解除了与航华的合作。就这样，由于资金来源的缺失、保健体制的不完善，让“百万妇女乳腺普查工程”逐渐陷入停顿。到2010年，仅建成40个定点筛查机构，接受筛查的人数也少于当初的设想。
