治疗主要包括如下方面
心理治疗由于功能性消化不良多伴有焦虑或抑郁症状，因此用药物治疗有时会难以控制病情，有的病人甚至需要看心理医生进行心理调节才能最终根治。
饮食及生活调理高强度工作压力下的年轻人应该合理安排自己的饮食和作息。饮食中要注意多吃含有纤维的食物，如蔬菜和水果等。另外，觉得压力过大时要适当放松自己，运动或者外出旅游都是不错的减压方法。
药物治疗精神抑郁者可选用多虑平、阿咪替林，焦虑、失眠者可选用安定、阿普唑仑等。运动障碍型促动力药物，如多潘立酮、西沙必利、莫沙比利、伊托必利等。反流样型促动力药物、抑酸剂、黏膜保护剂。溃疡型可选用制酸剂、抑酸剂和黏膜保护剂。
