《神农本草经》中，将具有毒副作用的中药与一般药物明显区分，并指出了对中药的炮制原则。
一个胃病患者，当身体的其他病需要服苦寒药时，这时如果不照顾脾胃，也许在其他病痊愈之时，胃痛反而加重了，可以说这也是中药的副作用。
寒凉药虽能清热，但易伤阳；热性药虽可祛寒，但能耗阴；攻伐药固可祛邪，但能伤正气；滋补药固能扶正，但能恋邪。因此，一方面要通过炮制、配伍、减轻药量、改进用药方法等以减少药物的偏性，同时要掌握药物的禁忌以保证用药安全。中医所说十八反、十九畏等也是防止中药毒副作用的有关论述。
在临床上，中医讲究“整体调理、辨证施治”，用药有“君、臣、佐、使”等，就是让人们使用中药时要区分个别，因人而异，因时而异。例如，在用中药栀子时，它有清三焦之火的用途，但一些人服后可出现腹痛，少数可见腹泻，而这部分人在停药后大多自行缓解。如果因病不能停药时，可加理气止痛、健脾止泻的中药或服用炒栀子，即可消除其副作用。
总之，只要按照中医理论科学合理地使用中药，注意加工、炮制及配伍，完全可以减轻或消除其副作用。
