病毒感染也是结膜炎常见的原因，特别是春夏交接时节，腺病毒感染引起之急性流行性结膜炎，除了眼部充血外，也可能并有喉咙痛、流鼻涕、发烧等症状。这种结膜炎通常产生水样分泌物而非脓样物，病程持续一至二星期。
传染性结膜炎，不论细菌或病毒性，都有很强的传染力，所以接触到病患之眼泪，不论是经由手帕、毛巾或手指皆可被传染。一旦接触后，须立即洗手，以防传染的散布。
除了传染的原因可引起结膜炎外，过敏也是产生分泌物的一种结膜炎类型。某些种类的过敏，例如“花粉热”，可造成眼睛非常痒。而其它种类的过敏，可能只是产生慢性的眼部充血。环境刺激源，如烟雾、尘埃等，也可能引起结膜炎。任何一型之结膜炎，可以因为眼睛干而使症状加剧。另一种慢性结膜炎的原因，是长久点眼药水。因为眼药水中的防腐剂，或药物本身引起的反应，可造成结膜慢性发炎。当点眼药水时，觉得很舒适，过不久，反而觉得眼睛不适，而且越点越不舒服，眼睛红也无法消褪。
“慢性眼睑炎”以及“脂溢性眼睑炎”，也会引起慢性结膜炎。眼睑缘可见到干性分泌物粘在睑板腺的开口处。
