包茎或包皮过长时，使包皮内皮脂腺的分泌物不能排出，并逐渐形成奇臭的包皮垢。包皮垢适宜细菌生长，故可引起阴茎头及包皮发炎。发生在尿道口的炎症，愈合后可引起尿道口狭小，造成排尿困难。阴茎头受包皮垢长期刺激还可能发生阴茎癌。据报道，约有85%-95%的阴茎癌患者有包茎或包皮过长病史。
另外，对女性也极为不利，丈夫包皮过长，性生活时包皮垢进入女性生殖道，多次长期慢性刺激子宫颈，可能诱发宫颈癌。医学家们调查犹太人，男婴出生后即切除包皮的人群中，妇女子宫颈癌发病率极低。有人对南太平洋裴济岛上居民调查发现，未切除包皮者的妻子与做过包皮环切术者的妻子对比分析，前者子宫颈癌发病率比后者高8倍。
包茎如未能及时治疗，阴茎头长期被包皮紧锁，致使青春期后造成阴茎发育不良，还会影响性生活。
