对念珠菌性阴道炎治疗关键在于改变阴道的酸碱度，使阴道环境偏于碱性，造成不利于念珠菌生存的条件，同时用杀菌药物。男性患者主要依靠抗真菌感染药物。治疗念珠菌病的药物很多，如酮康唑、克霉唑、双氯苯咪唑、制霉菌素、二性霉素b、曲古霉素、5-氟胞嘧碇等。这些药物一般副作用较大，如胃肠道反应、肝毒性、白细胞减少症及其他严重的变态反应等，必须在医生指导下服用。
对生殖器念珠菌病的治疗，在每一疗程结束后，都应复查阴道分泌物，男性病变部位取材，直至查菌阴性。复发者大多因用药剂量不足，治疗不彻底，所用药物为菌株耐药或治疗期间未严格禁欲。如果夫妇同患病，必须同时治疗。孕妇病人常能产后自愈，但新生儿在通过产道时有可能感染，所以对孕妇的念珠菌性阴道炎应及时治疗，一般采用局部用药。
