导致孕早期流产的原因很多，除染色体异常外，还有一些慢性疾病、子宫畸形等情况。尽管孕酮水平过低也是孕早期流产的原因之一，但很少见，以至于产科最权威的《william产科学》竟未将其列在常见的早孕期流产常见原因之列。对于孕酮水平低下和胚胎发育不良这两个因素，到底是先有孕酮缺乏造成胚胎发育不良，还是胚胎发育不良影响了孕酮水平，目前普遍认为是未知的。
因此，早孕期补充孕酮仅适用于一些特殊的孕妇，如黄体功能欠缺者、孕早期卵巢手术后。对于既往有自发性早产史以及妊娠中期发现宫颈管缩短的患者，可推荐使用特殊类型孕激素制剂，预防早产的发生。对于大多数自然妊娠的准妈妈，孕早期反复监测并补充孕酮是没有必要的。
