文献报道，此种疗法的近期有效率在90%以上。目前市场上出售的微波治疗仪有多种类型，但都靠探头来发挥治疗作用，散发热量。方法患者侧卧位，髋膝半屈曲。用避孕套套住治疗探头（以防污染），外涂以石蜡油，轻轻经肛门插入5～7厘米，预热数分钟，将治疗仪的输出功率调到治疗范围，待探头温度升到39℃时，开始计时，使探头温度维持在41℃～43℃之间30分钟，每周治疗2～3次，10次为1疗程，每1疗程末查前列腺液以观察疗效。
注意在使用微波治疗时，探头温度不可过高，以防出现组织变性坏死，观察询问病人使用探头治疗时感受，若有不适要进行针对性处理。偶有病人接受此项治疗后有欲大便感，总体来说，前列腺微波治疗是一种安全、无痛的治疗方法。
