二、难以对所有癌肿进行有效治疗，即部分肿瘤对放射线不敏感。一般说来，消化系统的癌肿，如胃癌、结肠癌、肝癌，放疗对之的效果不超过50%，更不可能获得根治。
三、放射线“敌我不分”，难免不伤及正常组织细胞。放疗要引起癌细胞死亡，需要达到一定剂量，而大剂量放疗可损伤正常组织，出现许多不良反应。照射到骨髓，可引起骨髓抑制，引起血细胞减少。照射到肺可并发放射性肺炎，照射到盆腔可引起放射性膀胱炎和直肠炎，照射头颈部可引起唾液腺损伤，导致难以忍受的唾液分泌减少。
临床上所用的“伽玛刀”、“x刀”和“光子刀”，实际上就是这种治疗技术。为了解决放疗的“敌我不分”，目前发展了立体适形放疗，又称为三维立体适形放疗，其基本原理是一次大剂量多野集束照射，犹如手术刀切除癌肿那样。
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