引发并发症脓疱疮虽然是表浅皮肤的化脓感染，但给细菌进入体内打开了门户。引起脓疱疮的细菌主要是金黄色葡萄球菌和乙型溶血性链球菌，这两种细菌毒力都很强，能产生多种毒素。其红球毒素入血，可引起腥红热。入淋巴管，可引起红线状淋巴管炎，以及大片状红肿疼痛的丹毒。
金黄色葡萄球菌会产生一种致表皮剥脱的毒素，可引起新生儿和小儿的皮肤像烫伤样剥脱。这是脓疱疮最严重的类型。若是细菌直接进入血液，并在血中繁殖，就会引起败血症。这些情况均有生命危险，需及时送抢救。
此外，脓疱疮还可以引起严重的并发症——急性肾炎。往往发生于脓疱疮治愈后2～3周或一个月左右。患儿突然出现全身浮肿、尿少、血尿和高血压。发现这些情况应立即送诊治，否则会严重影响患儿健康。
