第三，止泻只是一种对症治疗，病因治疗才是根本。因此，止泻补液的同时，切勿忽视对原发病的治疗。如果是感染性腹泻，应选用敏感抗生素控制感染。一般来说，有高热、粘液脓血便及白细胞升高者，细菌性感染的可能性大，要正规使用抗生素。而无发热、黄色稀水便及白细胞不高者，多为非细菌性感染，这种情况下如果用抗生素，不仅腹痛腹泻的症状不能有效缓解，而且可能引起药物性胃肠反应，或者因杀灭了肠道有益菌，而导致胃肠功能紊乱。如果是消化不良所致，应从调理饮食入手。如果是胃肠功能紊乱引起的，可选择调节植物神经功能的药物及镇静剂等等。
止泻剂服用过量，可引起腹胀、便秘、假性肠梗阻。感染性腹泻服用止泻剂，可掩盖病情，影响医生诊断。菌痢病人服用止泻剂常影响肠道对细菌及毒素的排泄，使毒血症状加重，病程延长。溃疡性结肠炎急性期用止泻剂，可诱发中毒性巨结肠及肠穿孔。此外，复方苯乙哌啶、可待因等含有麻醉成分，长期服用可以成瘾，故须慎用。
