临床显示，生殖器疱疹多有复发性。
疱疹很容易治好，但病毒会长期潜伏在患者的神经节中。
当患者因疲劳、酗酒、性生活过度频繁、外伤、其它部位受细菌感染、月经来潮、精神创伤等因素导致免疫功能低下时，病毒可以再次大量繁殖，从神经节中重返外生殖器皮肤粘膜，出现复发，但一般不影响身体健康。
治疗生殖器疱疹的特效药有（1）阿昔洛韦，每次服200毫克，每日5次，连服7～10天。（2）伐昔洛韦，每次服300毫克，每日2次，连服7～10天。（3）泛昔洛韦，每次服250毫克，每日3次，连服7～10天。
以上3种药，可任选1种。还可外用3%阿昔洛韦霜剂或1%阿昔洛韦乳膏，每日2～3次。
目前，国内外尚无根治生殖器疱疹病毒的药物，因此预防生殖器疱疹的复发更为重要，患者应注意生活要有规律，多参加健身运动，患病期间避免性生活，提倡使用避孕套，以防止病毒传染。
