放射治疗常产生严重的合并症，如急性胃肠反应为30%～40%，包括腹泻、肛门直肠不适等，约50%患者因此而停止治疗。慢性胃肠反应占12%，包括腹泻、直肠溃疡、狭窄和瘘道，约1%需要手术治疗。泌尿系统症状有尿频、排尿困难、血尿，约5%患者可能因此而放弃治疗。其他并发症有外阴和下肢浮肿，40%有阳痿。
内照射疗法局限于肿瘤组织及其周围小部分正常组织，对直肠、排尿功能和性功能影响小，很大程度上降低了外照射疗法的并发症。其主要并发症为血栓性静脉炎、淋巴管炎等，约占16%。晚期主要是水肿、排便困难，约占8%。联合放疗的早期并发症有阳痿、下肢水肿10%。直肠炎16%。膀胱炎或尿道炎17%。结肠炎4%。但90%的患者无持续晚期损伤。
