但是，由于包皮腔的潮湿温润环境，细菌可就更易在此繁殖。这就是一个平衡的问题，如果细菌的生长超过了包皮的自净功能，那么，就可能会发生包皮的炎症。另外，如上所述，包皮内板有很多分泌腺，分泌物可起到润滑作用，分泌物的蓄积、不能正常被清洗清除，也会有利于细菌的繁殖，造成包皮炎症。包皮位於阴茎前端，是包住龟头的双层折叠的阴茎皮肤。翻转包皮，可见龟头后面呈环状缩小部位叫做冠状沟。
在冠状沟附近的皮肤里有许多皮脂腺，分泌一种具有臭味的分泌物，呈黄白色泥状，称为“包皮垢”。刚出生时，包皮是和龟头紧密相连的，这时期如果勉强用力将包皮拉到龟头後面，常会造成受伤而引起疼痛、出血甚至造成疤痕，导致日後包皮出囗狭窄及小便困难和反覆发炎。婴儿时期，包皮可以保护龟头和尿道与尿布直接触，可减少皮肤炎、疼痛及尿道口狭窄。一个男子，特别是在7岁以前，包皮都比较长，遮盖了整个阴茎头及尿道外口。到了三岁左右时包皮和龟头就会自行分离，这时就比较容易将包皮拉到龟头後面。
以后随着青春发育，阴茎体积增大，长度增长，包皮会向后退缩，使阴茎头和尿道口暴露在包皮之外。如果到了成年，包皮口狭窄，或包皮与阴茎头仍然粘连，包皮不能上翻，露出尿道口或阴茎头，在医学上称之为包茎。如果包皮虽然能上翻露龟头，但包皮口很小，盖没尿道外口，就称包皮过长。若有尿道下裂的情形，则包皮可用来做尿道的修补。当孩子渐渐长大，包皮可用来保护龟头及尿道囗的意外伤害。常见的伤害有，包皮被拉链绞伤、或烫伤，要是没有包皮，则龟头及尿道将直接受到伤害。
