饮水机的进水口、贮水箱内壁和冷水管道因温度适宜极易滋生细菌，即便使用合格的桶装水，亦是如此。若不注意清洗，会引发人体消化系统、泌尿系统的疾病。因此，建议消费者在每次换水时对饮水机进水口进行清洗，若是聪明座类型的饮水机，还可取下聪明座放入消毒柜（低温）或微波炉进行消毒处理，长时间不用时，应将贮水箱内的水放掉，再次使用时先用饮用水冲洗一次。
清洗饮水机diy
目前，虽然市场上已有抑菌设计的饮水机出售或是部分饮用水厂家开始为消费者清洗饮水机，但至关重要的是，消费者应该加强自我保护的意识。其实，家庭自行清洗饮水机并不难。
1.先打开饮水机后面的排污管，排空余水。
2.打开所有饮水开关放空余水。
3.将专用于饮水机消毒的去污泡腾片1片溶解在2升左右的清水里，取用其部分消毒液擦洗饮水机内胆和盖子的内外侧。
4.其余消毒液充盈整个腔体，待留置10～15分钟后，再打开饮水机的开关，包括排污管和饮水开关，排尽消毒液。
