目前，通常被称为非淋菌性尿道炎的是指衣原体（占40%-50%）、支原体（占20%-30%）及一些尚不明致病病原体（占10—20%，如阴道毛滴虫，白色念珠茵和单纯疤疹病毒）的尿道炎。这类尿道炎中，已知其病原体的，则称为真菌性尿道炎和滴虫性尿道炎等，而不再包括在非淋菌性或非特异性尿道炎之内。
其主要病原体是沙眼衣原体和解脲支原体。前者占40%-60%，后者占20%-40%。
衣原体为革兰氏阴性病原体，是一种细胞内微生物，没有合成高能化合物atp、gtp的能力，必须由宿主细胞提供，因而成为能量寄生物。以目前常用的培养方法，尿道分泌物可培养出衣原体。女性病人因多数无症状或仅表现为白带增多等妇科症状，难以确定其发病率，有人估计女性病人可能为男性的4倍。支原体是目前所能发现的能在无生命培养基中生长繁殖的最小的微生物。现已从人类泌尿生殖道分离出来7种支原体，其中分离率较高而与泌尿生殖道疾病有关，是解脲支原体，其次是人型支原体。人型支原体（m.humenis，mh）、解脲支原体（ureaplasmaurealyticum，uu）和生殖器支原体（m.genitalium，mg）都会引起泌尿生殖道感染。婴儿或无性生活接触的女性生殖道内找不到解脲支原体。而性生活越乱，这种支原体阳性率也越高。mcdonald1982年报告587例急性尿道炎症状病人中，209例（36%）中段尿中分离出解脲支原体。
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